Paolo Magagna si è laureato al Dipartimento Arte, Musica e Spettacolo dell'Università di Bologna, con una tesi sul teatro.
Nel 1981 si è diplomato alla Scuola di Teatro di Bologna diretta da Alessandra Galante Garrone e ha perfezionato lo studio e la ricerca teatrale con il Roj Hart Theatre attraverso un training sull'espressione vocale e il canto. In seguito ha partecipato a numerosi stages condotti da Dominic De Fazio dell'Actors Studio, affinando l'acting attraverso l'apprendimento di alcune tecniche di derivazione stanislavskijana.
A Firenze ha compiuto uno specifico e approfondito studio sulla parola e la creatività vocale con l'attrice Gabriella Bartolomei, studio che lo ha indirizzato, negli anni successivi, a focalizzare la sua ricerca nell'ambito della connessione tra il corpo e la voce.
Parallelamente all'attività lavorativa nel teatro e nel cinema, dal 1995 si dedica alla didattica tenendo corsi di dizione, fonetica e recitazione presso l'Associazione Culturale Teatro dell'Ascolto, centro di ricerca e sperimentazione teatrale da lui stesso fondato e diretto. Dal 2003 al 2010 insegna tecniche di mimo ed espressività corporea e vocale presso la Scuola di Teatro Alessandra Galante Garrone di Bologna.

In teatro ha lavorato con la Cooperativa Nuova Scena nello spettacolo "Caffè Concerto", con il Gruppo RA' Teatro nel musical "Il grande amore di Ewa Braun", con il Teatro Greco di Siracusa nel "Filottete" di Sofocle con la regia di Walter Pagliaro, ne "La bisbetica domata" di Shakespeare con la regia di Giancarlo Sepe, con il Gruppo di sperimentazione Kripton nello spettacolo "Codice luce nel vuoto" e con il Teatro della Valdoca in "Otello e le nuvole".

Nel cinema ha partecipato ai seguenti film: "Una gita scolastica" di Pupi Avati, "La neve nel bicchiere" di Florestano Vancini, "Io e il duce" di Alberto Negrin, "Il futuro è donna" di Marco Ferreri, "Tod der Engel" di Wolfram Reinhardt. È stato coprotagonista nel film prodotto dalla televisione austriaca "Verkaufte Heimat" di Karin Brandauer e ha interpretato il ruolo di Francesco Maria della Rovere nel film di Ermanno Olmi "Il mestiere delle armi".

Come regista ha ideato e messo in scena i seguenti spettacoli per il Teatro dell'Ascolto: Voci del marinaio liberamente tratto da 'Il marinaio" di F. Pessoa nel 1999; Nel cuore delle Troiane da "Le troiane" di Euripide nel 2000; Onira performance liberamente tratta da "La casa dell'incesto" di A. Nin nel 2001; Notte d'estate sulla collina di Spoon River dall'"Antologia di Spoon River" di E. Lee Masters nel 2002; Nel ventre del mare liberamente tratto da "Oceano mare" di A. Baricco nel 2003; In un respiro - Sogno di un percorso per uno spazio senza qui ne altrove liberamente tratto da alcuni testi di S. Beckett nel 2004; Le parole che restano, performance liberamente tratta da "Quello che è strano, via" di S. Beckett nel 2005; Poemorfosi 03, performance ispirata ad alcuni racconti di E. A. Poe nel 2006; Isole liberamente tratto da "La vendetta" di A. Kristof e "Romeo e Giulietta" da W. Shakespeare nel 2007; Sogno di una notte di mezza estate da W. Shakespeare nel 2008; La dodicesima notte da W. Shakespeare nel 2009; L'opera da tre soldi di B. Brecht nel 2010; Fantasmi da "I giganti della montagna" di L. Pirandello nel 2011; L'ombra di un sogno, liberamente tratto da "Il marinaio", "Il libro dell'inquietudine" e "Faust" di F. Pessoa nel 2012; Signorina Else, liberamente tratto da "La signorina Else" di Arthur Schnitzler nel 2014.